Het dagelijks bestuur is verantwoordelijk voor de voorbereiding en uitvoering van de beslissingen van het partijbestuur. Het neemt beslissingen betreffende de organisatie en de werking van de partij en coördineert de werking van de diensten van het partijsecretariaat en de parlementaire fracties. Het dagelijks bestuur vergadert wekelijks.

Het partijbestuur van de Nieuw-Vlaamse Alliantie is belast met de uitvoering van de beslissingen van de partijraad en met de dagelijkse leiding van de partij. Het volgt de politieke ontwikkelingen van nabij. In beginsel vergadert het partijbestuur elke week.

De partijraad is, na het algemeen ledencongres, het hoogste orgaan van de partij en bepaalt meteen ook de krachtlijnen van de werking van de N-VA. De partijraad is in hoofdzaak samengesteld uit vertegenwoordigers van de arrondissementele besturen, de parlementsleden, de fracties in de provincieraden, de aftredende leden van het partijbestuur, de provinciale voorzitters en vertegenwoordigers van de jongeren. Daarnaast kan de partijraad ook 10 leden met stemrecht coöpteren. De partijraad kiest, uit eigen leden, de algemeen secretaris, de twee ondervoorzitters, de penningmeester en ten slotte de overige leden van het partijbestuur. In beginsel vergadert de partijraad om de maand. Het bureau van de partijraad vormt het bestuur van de partijraad. De partijraad stelt ook enkele commissies aan. De belangrijkste ervan zijn het comité van toezicht en de statutencommissie. Het comité van toezicht houdt toezicht op de beslissingen van het partijbestuur inzake de administratieve coördinatie en het personeelsbeleid, het beheer van propaganda, het pers- en mediabeleid, de begroting, de rekeningen en de beheersaangelegenheden van de partijdiensten. De statutencommissie waakt over de toepassing van de partijstatuten.